Formátumú fájlokat gff

előző ◈ a következő

áttekintés

technológiák, az új generációs szekvenálása megjelenése tette a feladatot dekódolása a genom egyszerűbb és könnyebben hozzáférhető. Vannak programok azonosítani kell az eredményül kapott nukleotidszekvencia egy adott organizmus, például funkcionális elemek, mint például a gének, exonok, intronok, start és stop kodonokat, motívumok, illesztési helyeket, stb És GFF formátumot gyakran használják tárolására ilyen jellemzői a genomban.

Fájl GFF formátumban - egy szöveges fájl, ahol minden egyes eleme a funkcionális genomját kap egy sort; mindegyik sor tartalmaz kilenc mező, elválasztva fülek. Az ilyen file szerkezete lehetővé teszi, hogy könnyen és gyorsan letölteni a szükséges adatokat, és feldolgozza azokat olyan eszközökkel, mint a bash (például grep parancs sort stb), Egyszerű szkriptek awk és a perl.

Itt egy példa fájl GFF formátumban:

fájlformátumot szerkezet GFF

  • seqname - sorozat neve általában egy azonosító szekvencia, amely abban rejlik benne FASTA fájlt. és a hozzáférési számot egy adatbázisban, mint például EMBL / Genbank / DDBJ keresni a szekvencia;
  • forrás - meghatározó forrás jellemzőit, ami lehet egy program, vagy adatbázisba, vagy kísérleti tesztelés;
  • funkció - a név a típus, leírások, példákat a szabványos előírások "CDS", "start_codon" (start kodon), "stop_codon" (stop kodon), "exon" (exon);
  • start - helyzetben jellemző számot a szekvenciában az első bázist számozott 1;
  • vége - a vég pozíció száma szekvenciájának jellemzők;
  • pontszám - pontszám 0 és 1000; abban az esetben. amikor nincs értékelés (például, egy érzékelő, amely egyszerűen a felvétel jelenléte lehetséges szignál) használja a jelölést „”
  • Strand - a megengedett érték, hogy kijelölje láncok „+”, „-”, az utóbbi jelzi, ha a lánc nem tartozik bármelyik első két típus „”; A második változat GFF2 formátumban. „” Arra használják, hogy utal egy lánc RNS vagy fehérje;
  • váz - kaphat az érvényes értékek '0', '1', '2', '' „0” jelenlétét jelző említett része belüli szekvenciához leolvasási keretben, azaz hogy első alaprészének felel meg az első bázis kodon; „1” jelenlétét jelzi egy további bázis, azaz az említett második alaprésze megfelel az első bázis kodon; „2” azt jelenti, hogy a harmadik alaprész megfelel az első bázis kodon; '' Jelezte, amikor leírja a cselekmény nem tudható, hogy az első három esetben; A második változat GFF2 formátumban. „” Ezt alkalmazzák a lánc RNS vagy fehérje;
  • csoport - opcionális mező használt csoportosíthassuk egyes bejegyzések egy név alatt; így például, gruppirovktstsyycha intronokat és exonokat a predikciós egy bizonyos gént (vagy kísérletileg bizonyított gén szerkezet).

Egy példa erre a fájlra:

Lehetőségek a GFF

  • Vizsgálati módszerek azonosítására szekvencia funkcionális elemek;
  • Képviselet találtak egy kísérlet genom jellemzőket GFF formátumban. Ezek a „kísérleti” GFF-fájlokat lehet ellenőrzéséhez hasznos megjósoltuk bioinformatikai genom elemek;
  • A keresés az új, bonyolultabb funkcionális elemek a genom segítségével több GFF-fájlokat tartalmazó különböző jellemzőit a szekvencia;
  • GFF egy egyszerű és szabványos fájlformátum, amely lehet etetni az input a sok program, amely együttműködik a gének.

Programok a GFF méret:

GFF verzió

Van két leggyakrabban használt változata a GFF fájlformátumban:

  • [Www.sanger.ac.uk/resources/software/gff/spec.html Általános jellemzők Format Version 2 (Sanger Institute)]
  • [Www.sequenceontology.org/gff3.shtml Generic Feature Format Version 3 (Sequence ontológia Project)]

[Gmod.org/wiki/GFF2 GFF Version 2] számos hátránya van, különösen, lehet, hogy csak két-szintű hierarchiát jellemzőkkel rendelkezik, ezért nem tud megbirkózni a háromszintű hierarchiát típusú transzkripciós → → exon. [Gmod.org/wiki/GFF3 GFF Version 3] kiküszöböli ezeket a hátrányokat és más, hiszen ismer bizonyos szintű hierarchia. Format [mblab.wustl.edu/GTF22.html Géntranszfert formátum] (GTF) egy pontosítás a második változat GFF2, és néha a GFF2.5. Az első 8 mezők megegyeznek a GFF, és ehelyett a mező csoport tárolt attribútum. amely magában foglalja a két szükséges attribútumok:

• gene_id érték - egyedi azonosítója genom helynek átirat; ha nincs megadva, akkor nincs gén társított sajátos jellemzőit;

• transcript_id érték - egy egyedi azonosítót az előre jelzett átirat; ha nincs megadva, akkor nincs átirat társított leírt tulajdonságokkal.

Ezeket a tulajdonságokat úgy tervezték, hogy kezelni több átiratok és ugyanabban a régióban a genomban.

Konvertálása GFF2 a GFF3

Számos szerverek, lehetővé téve, hogy fájlátvitel GFF2 a GFF3 formátumban. Azonban mindegyik egy kicsit másképp értelmezi a nyers adatokat GFF2 fájlt, ami nehézséget okoz az átalakítás során, és korlátozza annak lehetőségét, hogy azok használatát.

Itt van néhány pont, amely lehetővé teszi bármilyen átalakító:

  • Jellemző típusa (adatok típusát) a harmadik területen, ha GFF2 tartalmaz Sequence Ontológia (SO) a harmadik oszlop, akkor kell bármilyen módon hozzá a fordítás GFF3 formátumban;
  • Csoport / Attributes (Group / attribútumok) oszlopban 9: sok kis különbség.

Az alábbi lista néhány ilyen szerverek, amelyek végrehajtják az átalakítás GFF2 GFF3:

  • [Www.sanger.ac.uk/resources/software/act/ ACT]
  • [Www.sanger.ac.uk/resources/software/artemis/ Artemis]
  • [Gmod.org/wiki/GFF3#GFF_in_GMOD GMOD]

Írj egy ismertetőt a cikk „GFF File Format”

irodalom

  • [Www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3848729/pdf/1756-0381-6-15.pdf gff2sequence, új felhasználóbarát eszköz a generációs genom szekvenciák]
  • genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format3
  • www.sanger.ac.uk/resources/software/gff/spec.html
  • www.sequenceontology.org/gff3.shtml
  • gmod.org/wiki/GFF2
  • gmod.org/wiki/GFF3
  • mblab.wustl.edu/GTF22.html
  • www.ensembl.org/info/website/upload/gff.html

A járat leíró fájl formátum GFF

- Na és? - mondta Pierre, meglepetten nézett a különös izgalom barátja és észrevette, hogy a megjelenés, hogy ő adta fel egyre Natasha.
- Meg kell, beszélnünk kell veled - mondta András herceg. - Tudod, mi nők kesztyű (ő beszélt a szabadkőműves kesztyű, amelyek kaptak az újonnan megválasztott testvér bemutatni a szeretett). - Én ... Nem, még beszélünk, miután ... - És egy furcsa csillogással a szemében és a szorongás a mozdulataiban, András herceg felment Natasha, és leült mellé. Pierre látta, hogy András herceg megkérte őt, és ő válaszolt neki elpirult.
De ebben az időben Berg jött Pierre, erősen könyörögve neki, hogy vegyen részt a vitában az általános és az ezredes a spanyol ügyek.
Berg volt elégedett és boldog. Smile öröm soha nem hagyta el az arcát. Az este nagyon jó volt, és teljesen ugyanaz, mint a többi este, hogy látta. Minden olyan volt, mint. És hölgyek, finom beszélgetések és térképek és térképeket általában felemelte a hangját, és a szamovár, és a cookie-k; de még mindig hiányzik, amit mindig láttam az este, ami azt kívánta utánozni.
Ez hiányzott egy hangos beszélgetést a férfiak és a vita valami fontos és értelmes. Általános kezdte a beszélgetést, és neki, hogy Berg drew Pierre.


Másnap András herceg elment a Rostovs vacsorát, az úgynevezett Graf Ilya Andreich, és egész nap.
Minden a házban úgy érezte, hogy valaki hajtott András herceg, és ő nem hallgat el, próbáltam minden nap, hogy Natasha. Nem csak a lélek Natasa féltem, de boldog és lelkes, de az egész házban éreztem a félelem, hogy mi a fontos, amelynek kerül sor. Grófnő szomorú és komolyan szigorú szemekkel András herceg, ahogy beszélt Natasha és félénken kezdődött, és színlelt valamiféle triviális beszélgetést, amint ránézett. Sonya félt, hogy elhagyja Natasha és fél attól, hogy kellemetlen, amikor velük volt. Natasha elsápadt félelem a várakozás, amikor ott maradt egy percig vele szemtől szembe. András herceg megütötte a félénkség. Úgy érezte, hogy szüksége volt, hogy elmondja neki valamit, de nem tudta eldönteni rajta.
Amikor András herceg elment az este, a grófné felment Natasha és súgta:
- Na és?
- Anya, az isten szerelmére, ne kérdezd ma. Lehetetlen megmondani - mondta Natasha.
De annak ellenére, sőt, azon az estén, Natasha, akkor izgatott, majd ijedt, megáll a szemmel feküdt az ágyban sokáig anya. Azt mondta neki, hogy ő dicsérte, ahogy azt mondta, hogy külföldre menjen, amit kér, ahol élni fog ezen a nyáron, aztán megkérdezte neki Borisz.
- De ez, ez ... velem még nem történt meg! - mondta. - Csak akkor, ha félek, én vagyok mindig féltem, amikor azt, hogy mit jelent ez? Tehát, ez most, nem? Anya, alszol?
- Nem, kedvesem, én is nagyon félek, - válaszolt az anyja. - Tovább.
- Különben is, nem fogok aludni. Micsoda képtelenség az ágyba? Mamasha, anya, nekem ez nem történt meg! - mondta meglepetés és rémület előtt az érzés, hogy ő tisztában volt magára. - És ha tudtunk gondolni ...!
Natasha tűnt, hogy még amikor először látta András herceg a birtokot, ő beleszeretett vele. Ez olyan, mint egy madárijesztő, hogy furcsa, váratlan boldogság, hogy a férfi, akit választott, majd vissza (ő szilárdan meggyőződve ennek), hogy ugyanez most ismét találkoztam vele, és úgy tűnik, nem közömbös neki. „És volt ez szándékos, most, hogy itt vagyunk, jöjjön St. Petersburg. És ez szükséges volt számunkra, hogy megfeleljen a labdát. Minden sors. Egyértelmű, hogy ez a sors, hogy mindez végezték ezt. Még akkor is, amint megláttam, éreztem, hogy valami különleges. "
- Mit mondott még el? Mik ezek a versek, hogy? Nézd ... - elgondolkodva mondta az anyja, kérve a verseket, amelyek András herceg Natasha írta az album.
- Anya, ez nem szégyen, hogy ő egy özvegy?
- Elég, Natasha. Imádkozzatok, hogy Isten. Les Marieiages se font dans les Cieux. [Házasságok az égen.]
- Kedvesem, anya, szeretlek, mint jól érzem magam! - kiáltotta Natasha, sírás örömkönnyeket, izgalommal és átölelve anyja.
Ugyanakkor András herceg ült Pierre és azt mondta neki, hogy szereti a Natasha és hozott határozott szándéka, hogy feleségül veszi.

Aznap grófnő Elena Vasziljevna volt csődület volt, a francia nagykövet, volt Prince, aki nemrégiben vált gyakori látogatója a ház a grófnő, és a sok szép hölgyek és a férfiak. Pierre lent volt, ment a folyosókon, és megverte a vendégeket a koncentráció zavart és komor.
Pierre mivel a labda úgy érezte, az ő megközelítése illeszkedik a hipochondria, és kétségbeesett erőfeszítéssel próbál harcolni ellenük. Mivel a konvergencia a Prince feleségével, Pierre váratlanul nyújtott a kamarás, és ettől kezdve úgy érezte, hogy a súlyosság és szégyen egy nagy társadalom, és gyakran kezdtek jönni korábban komor gondolatok a hiúság minden emberi. Ugyanakkor azt vették észre, az az érzés, köztük védett Natasha és András herceg, az ő ellentétben az ő pozíció és a barátja, szintén megerősíti ezt a komor hangulatot. Ugyanilyen igyekszik elkerülni gondolt feleségével és mintegy Natasha és András herceg. Ismét minden úgy tűnt, jelentéktelen képest örökkévalóságban ismét a kérdést: „mi?”. És nap és éjszaka kényszerítette magát, hogy a munka a szabadkőműves munkát, remélve, hogy kivédjék a megközelítés egy gonosz szellem. Pierre 12 órakor lépett ki a kamarák a grófnő, ültem a tetején a füstös, alacsony mennyezetű szobában egy jól kopott köntösét az asztal előtt, és átírni az eredeti skót aktusok, amikor valaki belépett a szobába. Ez volt András herceg.
- Ó, te, - mondta Pierre egy szórt és nemtetszését. - De én dolgozom - mondta, rámutatva, hogy a notebook a fajta megváltást a nyomor az élet, amely szerencsétlen ember megnézi a munkájukat.
András herceg sugárzó, lelkes és megújult életet, hogy az arc és megállt előtte Pierre, és nem vette észre a szomorú arc, önzés szerencse rámosolygott.
- Nos, kedvesem - mondta -, azt akartam mondani, hogy tegnap, és most elérkezett az Ön számára. Soha nem tapasztaltam ilyet. Szerelmes vagyok, barátom.
Pierre hirtelen felsóhajtott, és esett az ő nehéz testét a kanapén mellette András herceg.
- A Natasha Rostova, mi? - mondta.
- Igen, igen, kinek? Soha nem hitte volna, de az érzés erősebb, mint én. Tegnap szenvedtem, szenvedett, de a kín, hogy nem adom fel semmit a világon. Nem éltem korábban. Most már csak azt, de nem tudok nélküle élni. De ha tudott szeretni? ... Túl öreg vagyok neki ... Mit nem mondasz? ...

előző ◈ a következő